In timp , MFT-ul creste in dimensiune si devine fragmentat,fapt care duce la scaderea vitezei de accesare a informatiei.Evitarea acestui aspect este posibila prin alocarea unui spatiu mai mic MTF-ului.
In registrii din Windows, la HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurentControlSet\Control|File System, se creeaza o inregistrare de tipul DWORD denumita "NtfsMftZoneRezervation"care trebuie sa aiba valoarea 2.
O alta facilitate consumatoare de resurse a sistemului NTFS(mai ales in cazul harddisk-urilor de mari capacitati pe care sunt stocate zeci de mii de fisiere si foldere) este actualizarea automata a campurilor referitoare la data ultimei accesari a fisierelor si folderelor.Dezactivarea acesteia este posibila tot prin intermediul registrilor, si anume prin setarea valorii 1 a inregistrarii "DisableNTFSLastAccesUpdate" de la HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurentControlSet\Control\FileSystem.